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PCR常見問題
  • 發(fā)布日期:2023-06-26      瀏覽次數(shù):927
    • 1. 無擴(kuò)增條帶
      (1)酶失活或在反應(yīng)體系中未加入酶。Taq DNA聚合酶因保存或運(yùn)輸不當(dāng)而失活,往往通過更換新酶或用另一來源的酶以獲得滿意的結(jié)果。
      (2)模板含有雜質(zhì)。特別是對(duì)甲醛固定及石蠟包埋的組織常含甲酸,造成DNA脫嘌呤而影響PCR的結(jié)果。
      (3)變性溫度是否準(zhǔn)確:PCR儀指示溫度與實(shí)際溫度是否相符,過高酶在前幾個(gè)循環(huán)就迅速失活;過低則模板變性。
      (4)反應(yīng)系統(tǒng)中污染了蛋白酶及核酸酶,應(yīng)在未加Taq酶以前,將反應(yīng)體系95℃加熱5-10分鐘。
      (5)引物變質(zhì)失效。人工合成的引物是否正確。是否純化,或因儲(chǔ)存條件不當(dāng)而失活。
      (6)引物錯(cuò)誤。利用BLAST檢查引物特異性或重新設(shè)計(jì)引物。
      (7)DNA凝膠電泳時(shí)加入陽性對(duì)照,確保不是DNA凝膠和PCR程序的問題。


      2. PCR產(chǎn)物量過少
      (1) 退火溫度不合適。以2度為梯度設(shè)計(jì)梯度PCR反應(yīng)優(yōu)化退火溫度。
      (2) DNA模板量太少。增加DNA模板量。
      (3) PCR循環(huán)數(shù)不足。增加反應(yīng)循環(huán)數(shù)。
      (4) 引物量不足。增加體系中引物含量。
      (5) 延伸時(shí)間太短。以1kb/分鐘的原則設(shè)置延伸時(shí)間。
      (6) 變性時(shí)間過長。變性時(shí)間過長會(huì)導(dǎo)致DNA聚合酶失活。
      (7) DNA模板中存在抑制劑。確保DNA模板干凈


      3. 擴(kuò)增產(chǎn)物在凝膠中涂布或成片狀條帶彌散
      (1)酶量過高。減少酶量;酶的質(zhì)量差,調(diào)換另一來源的酶。
      (2)dNTP濃度過高。減少dNTP的濃度。
      (3)MgCl2濃度過高??蛇m當(dāng)降低其用量。
      (4)模板量過多。質(zhì)粒DNA的用量應(yīng)<50ng,而基因組DNA則應(yīng)<200ng。
      (5)引物濃度不夠優(yōu)化。對(duì)引物進(jìn)行梯度稀釋重復(fù)PCR反應(yīng)。
      (6)循環(huán)次數(shù)過多;增加模板量減少循環(huán)次數(shù)至30,縮短退火時(shí)間及延伸時(shí)間,或改用二種溫度的PCR循環(huán)。
      (7)退火溫度過低。
      (8)電泳體系有問題:
      ①凝膠中緩沖液和電泳緩沖液濃度相差太大;
      ②凝膠沒有凝固好;
      ③瓊脂糖質(zhì)量差。
      (9)若為PCR試劑盒則可能:
      ①由于運(yùn)輸儲(chǔ)存不當(dāng)引起試劑盒失效;
      ②試劑盒本身質(zhì)量有問題,如引物選擇、循環(huán)參數(shù)等選擇不當(dāng)。
      (10)降解的陳舊模板擴(kuò)增也易產(chǎn)生涂布。


      4. 擴(kuò)增產(chǎn)物出現(xiàn)多條帶 (雜帶)
      (1)引物用量偏大,引物的特異性不高。應(yīng)調(diào)換引物或降低引物的使用量。
      (2)循環(huán)的次數(shù)過多。適當(dāng)增加模板的量,減少循環(huán)次數(shù)。
      (3)酶的用量偏高或酶的質(zhì)量不好,應(yīng)降低酶量或調(diào)換另一來源的酶。
      (4)退火溫度偏低,退火及延伸時(shí)間偏長。應(yīng)提高退火溫度,減少變性與延伸時(shí)間,也可采用二種溫度的PCR擴(kuò)增。以2度為梯度設(shè)計(jì)梯度PCR反應(yīng)優(yōu)化退火溫度。
      (5)樣品處理不當(dāng)。
      (6)Mg2+濃度偏高,因適當(dāng)調(diào)整Mg2+使用濃度。
      (7)若為PCR試劑盒,也可能時(shí)試劑盒本身質(zhì)量有問題。
      (8)復(fù)制提前終止。使用非熱啟動(dòng)的聚合酶時(shí)常有發(fā)生。冰上準(zhǔn)備反應(yīng)體系或采用熱啟動(dòng)聚合酶。
      (9)反應(yīng)緩沖液未融化或未充分混勻。確保反應(yīng)緩沖液融化并混勻。
      (10)引物特異性差。利用BLAST檢查引物特異性或重新設(shè)計(jì)引物。
      (11)引物量過多。減少反應(yīng)體系中引物的用量。
      (12)模板量過多。質(zhì)粒DNA的用量應(yīng)<50ng,而基因組DNA則應(yīng)<200ng。
      (13)外源DNA污染。確保操作的潔凈。


      5.陰性對(duì)照出現(xiàn)條帶
      試劑,槍頭,工作臺(tái)污染。使用全新的試劑和槍頭,對(duì)工作臺(tái)進(jìn)行清潔。
      6.條帶大小與理論不符
      1) 污染。使用全新的試劑和槍頭,對(duì)工作臺(tái)進(jìn)行清潔。
      2) 模板或引物使用錯(cuò)誤。更換引物和模板。
      3) 基因亞型。對(duì)研究的基因進(jìn)行序列分析和BLAST研究

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